Opgavefordelingen mellem Norddjurs Kommune og AquaDjurs as er bestemt i vandsektorloven, der trådte i kraft 1. januar 2010. Den daværende kloakforsyning i Norddjurs Kommune blev udskilt som et selvstændigt selskab den 1. oktober 2008. Selskabet har overtaget alle offentlige spildevandsanlæg i Norddjurs Kommune samt 4 kommunale vandværker.
AquaDjurs as er et spildevandsforsyningsselskab, som er omfattet af § 2, stk. 1, i lov om vandsektorens organisering og økonomiske forhold.
Ifølge vandsektorloven er kommunen spildevandsmyndighed og har ansvar for tilladelser, påbud, tilsyn og den overordnede spildevandsplanlægning. AquaDjurs as forestår anlæg, drift og vedligeholdelse af de spildevandstekniske anlæg i kommunen. Naturstyrelsen er tilsynsmyndighed i forhold til regnbetingede udledninger og udledninger fra spildevandsforsyningens renseanlæg.