Naturkvalitetsplanen tager udgangspunkt i den natur, der er beskyttet i henhold til naturbeskyttelseslovens § 3, det vil sige overdrev, moser, enge og strandenge. De beskyttede søer og vandløb indgår ikke i naturkvalitetsplanen, idet planlægning for disse områder er beskrevet i statens vandplaner og vandhandleplaner.
Naturkvalitetsplanlægningen er baseret på besigtigelser af § 3-beskyttede naturlokaliteter, registrering af naturlokalitetens fysiske tilstand, drift samt plante- og dyrearter. Alle naturkvaliteterne er på dette grundlag blevet værdisat og målsat. Værdisætningen beskriver den enkelte lokalitets tilstand, mens målsætningen afspejler målet for dens fremtidige tilstand.
Naturkvalitetsplan 2013 sætter krav til tilstanden af naturen på de beskyttede naturlokaliteter. De spildevandsmæssige tiltag i henhold til spildevandsplanen har ikke nogen direkte indflydelse på tilstanden af de terrestriske naturtyper, men kan derimod have betydning i forhold til de våde naturtyper som f.eks. vandløb og søer.